为了有效地组织赈灾，康熙皇帝还主张从治标转向治本，一方面兴办各项工程(如治黄淮);另一方面提高人们的抗灾自救能力。康熙十八年(1679)六月，他向户部提出“民生以食为天，必盖藏素裕，而后水旱无虞，藏富于民，经久不匮，洵国家之要务也”。他提出尽管“连年丰稔，粒米充盈”,可是“小民不知积蓄，恣其狼戾”,以致“去年山东河南一逢岁歉，即以饥谨流移见告，虽议蠲议赈，加意抚绥，而被灾之民，生计难遂”。他认为，各地方官吏“平日不以民食为重，未行申明劝谕”。责任不可推卸。对此，康熙皇帝要求各级官吏要“晓谕小民。务令力田节用，多积米粮，俾俯仰有资，凶荒有备”。因此，地方各级纷纷设立社仓、义仓，全以本乡之人管理其事，米谷出陈入新，春借秋还，每石取息一斗。储谷多的，经营人给予顶戴。次年，康熙皇帝规定常平仓谷均留本州县备赈，义仓和社仓积谷各留本村备赈。应该说这样做是积极的。
康熙皇帝还力求在遇灾时平价粜米。事实表明灾荒之日往往是贪利商人囤积居奇之时。康熙三十二年(1693)京畿地区歉收，市上米价昂贵，康熙皇帝谕令通仓每月发米一万石，“比时价少减粜卖，只许贫民另余数斗，富贾不得多籴转贩”。第二年，霸州、文安等州县水灾，康熙皇帝又下令将天津卫等地现存仓米十万石以三万石赈济饥民，剩下七万石“着减价发粜”。沿河一带景州等各州县卫所“着将山东漕米每处截留二千石，亦发粜以平米价”。为保证平粜顺利进行，康熙皇帝除命令户部“行文该抚，责成州县实心奉行”外，还不时地遣人稽察，若发现“小民一不沾实惠”,就从重处治该管官，断不宽宥。这一年，直隶安州(今河北安新西南)等十一个县仍推行了以平粜为主、粜赈结合的方法。康熙皇帝指出：“朕思直隶米价腾贵，小民艰苦，若仅照数给发，诚恐无益。著将此米一半散给百姓，一半照目前米价折银给予贫民。所余之米着视时价酌减，令民贱买，如此则百姓既得银两，而籴米又易，庶小民均沾实惠”。康熙皇帝不仅注意灾后平抑物价，而且延及灾后期年。康熙三十九年(1700)三月，康熙又交代大学士说：“修筑永定河，夫役云集，人多则需米，谷价必致腾贵”。他下令：“遣户部贤能司官二员截山东、河南漕米二万石，留于信安、柳岔(今河北霸州境内)二处，会同地方官照前稍减时价丰粜，至附近信安、修河诸处屯庄米石，亦令粜卖，有益于民”。