“我知道她很强，是一种让人绝望的强大，但是我想要与其战斗，想要拥有与她一战的实力。”黑鸦说出了自己的决意，“所以我希望这套代号为【方舟】的武装能够助我一臂之力。”
……
赤色联邦，东部的某座都市里的地下，时刻和潘多拉的创造的特殊建筑物。
半年前的黑影之网，对首都克诺城发动的袭击，到联邦中央政府的宣战，黑影之网组织和联邦中央政府的一举一动，全都被人形少女时刻看在眼里。
近几年，人形少女时刻在赤色联邦的存在感很是稀薄，但并不代表已经活了几百年的她，打算隐退江湖，不问尘世。
自从获得罪恶的真相后，时刻就觉得身为第一位人形少女的自己，已经没有办法置身事外了。见证了赤色联邦、首都克诺城、造物机关之灵组织的历史的她，内心依旧拥有着强烈的意愿，而那些意愿正在找一个爆发出来的契机……